| Название |
Мнемоника |
| Acidiphilium cryptum |
ACICJ |
| Bartonella henselae |
BARHE |
| Brucella suis |
BRUSU |
| Agrobacterium fabrum |
AGRFC |
| Rhizobium meliloti |
RHIME |
| Roseobacter denitrificans |
ROSDO |
| Paracoccus denitrificans |
PARDP |
((((RHIME, AGRFC), (BRUSU, BARHE)), (PARDP, ROSDO)), ACICJ);
Четыре нетривиальных ветви:
(RHIME, AGRFC) vs (BRUSU, BARHE, PARDP, ROSDO, ACICJ)
(BRUSU, BARHE) vs (RHIME, AGRFC, PARDP, ROSDO, ACICJ)
(PARDP, ROSDO) vs (BRUSU, BARHE, RHIME, AGRFC, ACICJ)
(RHIME, AGRFC, BRUSU, BARHE) vs (PARDP, ROSDO, ACICJ)
Задание 2
В результате поиска было выявлено, что все выбранные организмы относятся к альфапротеобактериям. Ниже представлена таблица с более подробным описанием таксономии этих организмов.
| Мнемоника |
Таксономия |
| ACICJ |
Rhodospirillales; Acetobacteraceae; Acidiphilium |
| BARHE |
Rhizobiales; Bartonellaceae; Bartonella |
| BRUSU |
Rhizobiales; Brucellaceae; Brucella |
| AGRFC |
Rhizobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Agrobacterium |
| RHIME |
Rhizobiales; Rhizobiaceae; Sinorhizobium/Ensifer group; Sinorhizobium |
| ROSDO |
Rhodobacterales; Rhodobacteraceae; Roseobacter |
| PARDP |
Rhodobacterales; Rhodobacteraceae; Paracoccus |
Как видно из таблицы, нетривиальная ветвь (RHIME, AGRFC) vs (BRUSU, BARHE, PARDP, ROSDO, ACICJ) отделяет Rhizobiaceae от Bartonellaceae и Brucellaceae.
(PARDP, ROSDO) vs (BRUSU, BARHE, RHIME, AGRFC, ACICJ) отделяет Rhodobacterales от Rhizobiales и Rhodospirillales.
Построение и анализ дерева, содержащего паралоги
Дерево было построено в программе Mega7, с помощью алгоритма Maximum liklehood.
Пары паралогов:
CLPX_AGRFC -- HSLU_AGRFC
HSLU_PARDP -- CLPX_PARDP
HSLU_RHIME -- CLPX_RHIME
Внутри своих рамок находятся группы попарно ортологичных белков. Синей стрелкой показана дупликация гена, а красными разделение путей эволюции в результате видообразования.